两种途径在商标注册申请审查方面并无差别。自行办理与委托商标代理机构办理，其主要区别是发生联系的方式、提交的书件、文件递交和送达方式稍有差别。
在发生联系的方式方面：
自行办理的，在办理过程中申请人与国家知识产权局直接发生联系；委托商标代理机构办理的，在办理过程中申请人通过商标代理机构与国家知识产权局发生联系，而不直接与国家知识产权局发生联系。
在提交的书件方面：
自行办理的，申请人应按规定提交相关书件；委托商标代理机构办理的，申请人还应提交委托商标代理机构办理商标注册事宜的授权委托书。
在文件递交方式方面：
申请人自行办理的，由申请人或经办人直接将申请文件递交到国家知识产权局商标局商标注册大厅（也可到商标局驻中关村国家自主创新示范区办事处，商标局在京外设立的商标审查协作中心，或者商标局委托地方市场监管部门或知识产权部门设立的商标受理窗口办理），申请人也可以通过网上申请系统提交；代理机构可以将申请文件直接递交、邮寄递交或通过快递企业递交国家知识产权局，也可以通过网上申请系统提交。
在文件送达方式方面：
申请人自行办理的，国家知识产权局的各种文件是送达当事人；委托商标代理机构办理的，文件送达商标代理机构。
注册商标成功率：
自行办理：由于缺乏经验以及相关的法律知识，不能很好地提前做好成功率判断，也不能分析出是否属于禁止注册或使用的情形，导致商标驳回，注册核准率低。
委托代理机构办理：专业从业商标代理工作，熟知商标法规，有丰富的经验，可以较准确地判断商标的成功率以及分析是否存在不能注册的情形，代理人先检索再申请注册，保证较高注册核准率。
